Pēc LPSR pasludināšanas sākās represijas pret Latvijas valsts
pārvaldes, saimnieciskajiem un militārajiem darbiniekiem, kā arī
inteligenci. Ar apsūdzību "par pretpadomju darbību" šie cilvēki
tika ieslodzīti cietumos, nogalināti vai izsūtīti uz Sibīriju. 1941. gada
pavasarī visi cietumi bija pārpildīti. Jūnijā notika izrēķināšanās ar
Latvijas armijas komandējošo sastāvu. Daļa virsnieku tika apcietināti
 un nogalināti vasaras nometnē Litenē (13.- 14. jūnijā), bet lielākā
daļa bija nosūtīta uz kursiem Maskavā, kur tos apcietināja un izsūtīja.
Naktī no13. uz 14. jūniju visā Baltijā tika organizēta milzīga apjoma masu
deportācija, kuras instrukcija tika izstrādāta jau 1939. gada oktobrī,
kad PSRS vēl pat nebija okupējusi šo teritoriju. Pēc Latvijas Republikas
Iekšlietu ministrijas rīcībā esošajiem arhīva materiāliem, šīs masveida
operācijas laikā tika arestēti vai izsūtīti administratīvā kārtā 14392
cilvēki. Deportētie galvenokārt nometināti Krasnojarskas novadā un
Tomskas apgabalā Sibīrijā. Izsūtīto vidū bija 1610 bērnu līdz 7 gadu
vecumam un 50 sirmjgalvju, kas vecāki par 80 gadiem. Pēc tautības
no Latvijas deportēto (arestēto un izsūtīto) vidū bija 11418 latviešu,
1771 ebrejs, kā arī citu tautību cilvēki. Pēc dažu vēsturnieku aplēsēm,
1940.-1941. gadā-t.s. "baigajā gadā"- Latvijā represijām tika pakļauti
35 tūkstoši cilvēku, no tiem 1488 tika nošauti bez izmeklēšanas un tiesas.